1991. február 5-én jelent meg az Innuendo, a Queen tizennegyedik, és egyben utolsó stúdióalbuma, amely még Freddie Mercury halála előtt látott napvilágot. A felvételek már 1989. márciusában elkezdődtek. Ebben az időszakban Freddie Mercury immár két éve küzdött az AIDS-szel, ám határozottan elutasította, hogy egészségi állapotáról nyilvánosan beszéljen. Véleménye szerint egy ilyen beismerés arra késztette volna a rajongókat, hogy sajnálatból vásárolják meg a Queen lemezeit.
Freddie nagyon legyengült, ennek ellenére ragaszkodott ahhoz, hogy a zenekar addig dolgozzon a stúdióban, amíg ő képes rá. A Queen Montreux-be vonult vissza, távol a paparazzóktól és az újságíróktól. Az album munkálatai rendkívül drámai körülmények között zajlottak. A zenekar többi tagja – akik makacsul őrizték frontemberük titkát még a hozzájuk legközelebb állók elől is – minden lehetséges módon támogatták Freddie-t, aki a rohamosan romló állapota ellenére is lenyűgöző vokál felvételeket készített.
Az album dalai között szerepel a lemez monumentális címadó nyitódala, az „Innuendo”, amelyet rajongók és kritikusok egyaránt a második „Bohemian Rhapsody”-ként emlegetnek; a számban, a progresszív rock legendás együtteseiből, a Yesből és az Asiából ismert Steve Howe is közreműködik. A „These Are the Days of Our Lives” című ballada egy életút négyperces összegzése; míg a záródal, a „The Show Must Go On” legördülő függönyként jelzi, hogy az ünnepelt főszereplő végleg visszavonul a színpadtól.
„Nagyon beteg volt, szenvedett, alig tudott járni. Megkérdeztem tőle: Fred, nem tudom, képes leszel-e elénekelni, itt túl magas hangok vannak, nagyon gyenge vagy. Rám nézett, és nyugodtan csak ennyit mondott: »Megcsinálom, drágám.« Aztán megivott egy pohár vodkát, bement a stúdióba, kiénekelte a nagyon magas részeket… és szó szerint megdöbbentem, sokkolt” – emlékezett vissza Brian May a „The Show Must Go On” felvételéről.
Megjelenése után az Innuendo azonnal a brit slágerlista élére került, és számos arany- és platinalemez-minősítést szerzett. Kilenc hónappal később, Freddie Mercury végleg elhagyta a földi színpadot és stúdiót, az albumot pedig hattyúdalaként és rajongóinak szánt végső üzeneteként hagyta hátra.